Surgiu de um desentendimento entre remadores membros do Clube de Natação e Regatas Campista, no ano de 1902. O desentendimento teve origem ao ser negado um pedido de um barco, feito por diversos remadores do clube, para que se passeasse no rio Paraíba do Sul. Ao nomear o clube foi deita uma homenagem aos primeiros moradores do município de Campos dos Goytacazes, os índios Goytacazes, que segundo o historiador Eduardo Bueno, eram os mais ferozes índios do atual território conhecido como Brasil, e também eram nadadores de excelência, o que lhes dava uma vantagem grande nas batalhas. A diretoria original do Goytacaz F.C foi formada por Luiz Carlos Cabral (presidente), Roberto Melo (vice-presidente), Otto Nogueira (1º tesoureiro), Jaime Rego (2º tesoureiro), Rudah Martins (1º secretário), Álvaro Nogueira (2º secretário), João Cunha (fiscal) e Manoel Patrão (procurador) e também ficou decidido, ainda, que a casa de Otto Nogueira, situada à Rua 21 de abril, nº. 14, no centro da cidade, ficaria sendo provisoriamente a sede do novo clube.
O Goytacaz, clube centenário, teve sua primeira partida sendo realizada no dia 25 de Agosto de 1902, contra o Internacional e a equipe Campista venceu por 2x1, A escalação do primeiro jogo do Goyta foi: Claudinier, Mário Manhães e Catete, Álvaro Nogueira, Estevam Almeida, e Adelino, Laranjeira, Linconl, Jorge Gomes, Didi e Otto Nogueira. O primeiro campo do Goytacaz foi defronte à Igreja de Santo Antônio, em Guarus e, por isso, o santo é considerado o padroeiro do time. Mais tarde o campo passou para a Praça da República, onde a Prefeitura Municipal cedeu um terreno, mas ali o clube não ficaria por muito tempo, pois logo se mudaria para perto do Liceu de Humanidades, no antigo campo do Luso Brasileiro, no mesmo terreno onde, mais tarde, seria construído o palacete de Finazinha de Queirós, transformado após a sua morte na Casa de Cultura Villa Maria. O clube, porém, mudaria novamente e, dessa vez, se estabeleceria em frente à linha férrea campista, no início da Rua do Gás, na Lapa. Foi nesse campo que o Goytacaz tornou-se, definitivamente, um dos maiores times da cidade, chegando a ter ali mesmo o primeiro campo com iluminação elétrica do interior do Estado do Rio de Janeiro, em 5 de junho de 1930, o que causou muita polêmica, já que a cidade vivia sérios problemas de abastecimento de energia.
O Goytacaz foi o primeiro time de Campos a jogar no estádio Jornalista Mario Filho, o Maracanã, e o terceiro do antigo estado do Rio de Janeiro, Isso aconteceu em novembro de 1963, contra a equipe carioca do Madureira e a partida terminou empatada em 2 a 2. Antes dele, jogaram, no Maracanã, o Canto do Rio, que disputava especialmente o Campeonato Carioca desde 1941 e estreou no Maracanã já em 1950 e o Fonseca, que disputava o Campeonato Fluminense mas enfrentou o America no estádio pela Taça Brasilde 1961. O Goytacaz foi o segundo clube campista a ter um jogador na Seleção Brasileira, Amaro da Silveira, titular absoluto no Campeonato Sul-Americano de Futebol de 1923, tendo o Goytacaz também revelado Amarildo, "O Possesso", goleador da Seleção Brasileira e destaque da Copa do Mundo de 1962. O Goytacaz foi o primeiro campeão da cidade de Campos dos Goytacazes, isto em 1914. O clube conquistou vinte campeonatos campistas, sendo o de 1955 de forma invicta, além de ter sido o primeiro tetracampeão (1940/1941/1942/1943), levantou duas taças Cidade de Campos e cinco campeonatos estaduais (antigo Campeonato Fluminense, em 1955/1963/1966/1967/1978). Em campeonatos brasileiros, a melhor performance do Goytacaz na primeira divisão foi em 1978, quando conquistou o 30° lugar, entre 74. Em 1985, foi vice-campeão da Taça de Prata, equivalente ao atual Campeonato Brasileiro Série B.
Em 2006, o Goytacaz conquistou acesso ao Campeonato Carioca da 1ª Divisão de 2007, ao terminar em quarto lugar na Seletiva de 2006. Nesta Seletiva os públicos do Goytacaz ficaram entre 3.000 e 4.000 pessoas por partida. No jogo final, contra a Associação Atlética Portuguesa, na cidade do Rio de Janeiro, 1.300 torcedores viajaram mais de 300 quilômetros, para incentivar o clube campista. Posteriormente, a Justiça não reconheceu a validade jurídica do torneio, não permitindo o acesso dos clubes que haviam conquistado as vagas dentro do campo. Em 2009, mesmo na Série B estadual, a torcida continuou a mostrar força, liderando as estatísticas de público. Em 18 de julho de 2010, o clube foi rebaixado para o Campeonato Carioca da Terceira Divisão, mesmo após vencer o São Cristóvão por 3 a 2. No mesmo ano, a equipe não se abateu com a queda e fez uma boa campanha na Copa Rio, ficando em terceiro lugar e por pouco não voltando a disputar um Campeonato Nacional No dia 24 de julho de 2011, o Goytacaz volta ao Campeonato Carioca da Segunda Divisão após ser campeão do Campeonato Carioca da Série C passando pelo América de Três Rios na semifinal em disputa de pênaltis, e vencendo o Juventus nos dois jogos da final. Em 2012 a tão sonhada volta a 1ª divisão fica próxima de acontecer. A equipe chegou até a última rodada brigando por uma vaga na elite, porém estava na 3ª colocação, um ponto atrás do Audax Rio e três pontos atrás do Quissamã. Para subir, o Goytacaz teria que vencer a equipe do Tigres e torcer por um tropeço do Audax contra o São João da Barra. A vitória sobre o Tigres veio, em uma virada por 3 a 2, porém o outro resultado não ajudou e o Audax venceu o São João da Barra por 4 a 1, subindo assim Audax (vice campeão) e Quissamã (campeão).
